Самолет Fokker S.IX создавался для обучения высшему пилотажу. Модель S.IX выпускалась в двух вариантах. В первом, обозначенном S.IX/1, самолет был оснащен звездообразным двигателем Armstrong Siddеley Genet Major. Первый полет этого самолета состоялся в 1937 году, и он находился в эксплуатации в составе ВВС Голландии в качестве стандартного учебного самолета с 1938 до 1940 г. Второй вариант, обозначенный S.IX/2, был оснащен рядным двигателем Menasco B-6 Buccaneer мощностью 168 л. с.

Всего для авиации ВМС Голландии было заказано 27 самолетов S.IX/2, но до момента прекращения производства в связи с немецким вторжением было выпущено только 15 самолетов. Во время войны с Германией самолеты S.IX использовали для связи и эвакуации до тех пор, пока не закончилось голландское сопротивление. Компания Fokker после войны построила еще три самолета S.IX/1, оснащенных двигателями Genet Major постройки фирмы Кромхаут.